Фильм «За Нистру» описывает ту часть событий Холокоста, которые происходили в 1941 году на территории Советского Союза, оккупированной румынами. Эпизоды фильма рассказывают о страданиях и смерти сотен тысяч евреев – жертв Холокоста, уничтоженных румынами.
Эпизод 1 – "Месть румын" – рассказывает о погромах и убийстве евреев в Молдове (Бессарабии) с начала операции «Барбаросса» 22.061941 и до начала депортации евреев Бессарабии и Буковины в Транснистрию.
Эпизод 2 – "Пурификация" – описание депортации евреев из Черновиц и других мест Буковины – дорога страданий и смерти до прибытия в гетто Транснистрии.
Эпизод 3 – "Эпидемия тифа" – зима 1941-42 в Транснистрии в целом и гетто Бершади и Шаргорода – Смерть десятков тысяч евреев от тифа, смертельного холода и голода.